現在CNSではtwm,fvwm，fvwm2などのウィンドウマネージャを利用することができる．どのホストにどのウィンドウマネージャがインストールされているかを表4.1に示す．ここでは，利用頻度がもっとも高いと思われるfvwm，fvwm2のカスタマイズについてのみ述べる．
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twmはX Window Systemの標準的なウィンドウマネージャである．CNSではすべてのホストで利用することができる．
fvwmはtwmから派生したウィンドウマネージャであり，twmに3次元的なフレームと仮想デスクトップ機能(図4.2)などのさまざまな機能を追加したものである．fvwmには1.xxと2.xxの2系統のバージョンがあり，1.xxはすでに1.24rという最終バージョンがリリースされている．CNSでは1.xxと2.xxの両方の系統が利用でき，コマンド名は1.xxの方がfvwm，2.xxの方がfvwm2となっている．利用する上ではfvwmとfvwm2にはあまり違いはないが，fvwm2ではfvwmのGoodStuffがFvwmButtonsになるなど名称変更や機能の拡張が行われており，fvwmとfvwm2ではカスタマイズの方法にかなり違いがあるので，ここでは分けて説明する．