CNSでは，各自のホームディレクトリ以下のファイル空間が最大100Mバイト，15000ファイルに制限されており，それを超えた場合はログイン時に警告される．ユーザは警告から１週間以内に制限以下にファイルを減らさないと，以後新たにファイルを作成できなくなる．
また使用制限以下であっても，CNSでは複数のユーザがファイル空間を共有しているので，不必要なファイルは削除すること．
LATEXやMuleを使用すると，自動的にバックアップファイルや処理経過を記録するログファイルが生成される．これらのファイルは，処理中には参照されるが，処理後には不必要となるので消去すること．また，Cなどのプログラム言語をコンパイルしたときや，LATEXを実行した際にも，a.out，file.oなどの実行ファイルやdviファイルが生成される．これらのファイルは，ソースファイル(file.cやfile.tex)があればいつでも再現できる．長時間使わないときには消去すること．表1.1に消去すべきファイルの一覧を示す．
作業ファイルの中には，一定期間経過すると，自動的に消去されてしまうファイルがある．これらのファイルを保存する場合は，mvコマンドを実行して，ファイル名を変更しておく必要がある．表1.2に自動的に消去されるファイルの一覧を示す．
coreファイルは，アプリケーションが異常終了したときに作られるファイルで，容量が非常に大きくなる可能性がある．本来は解析してプログラムの異常の原因を調べるために使用するが，特に解析する必要がない場合には，ホームディレクトリの.cshrcファイルに，次のような1行を記述すると，coreファイルが生成されなくなる．
limit coredumpsize 0
現在のファイルの使用量を知るにはquotaコマンドを -vオプションを指定して実行する．
% quota -v<RET> Disk quotas for t99000tf(uid 29000): Filesystem usage quota limit timeleft files quota limit timeleft /a/fs0601a 122880 102400 153600 7.0 days 10210 15000 15000 % quota Over disk quota on /a/fs0601a, remove 20480K within 7.0 days