Mewは, 特に設定しない限りメッセージを受信した時に POP3サーバからメッセージを削除します.
Mewを利用して受信したメッセージをサーバに残すには 自分のホームディレクトリの下 .mew.el というファイルを作成し, 次の内容を記述します.
(setq mew-pop-delete nil)